Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Học viện Hành chính Quốc gia là một bộ phận trong hệ thống chính trị của Học viện có nhiệm vụ tập hợp, tổ chức, giáo dục và rèn luyện đoàn viên, thanh niên, sinh viên. Lịch sử Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Học viện Hành chính Quốc gia gắn liền với sự hình thành, phát triển của Học viện. Tổ chức Đoàn được đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp và toàn diện của Ban Chấp hành Đảng bộ Học viện và Đoàn Bộ Nội vụ. Trong quá trình xây dựng và trưởng thành, Đoàn Học viện luôn nhận được sự ủng hộ, tạo điều kiện giúp đỡ to lớn của Đảng ủy, Ban Giám đốc, các đơn vị thuộc, trực thuộc Học viện và nhiều thế hệ cán bộ, giảng viên, công chức, viên chức.
Những thành tựu đạt được trong những năm qua của Đoàn Học viện còn gắn liền với công lao to lớn của Ban Chấp hành, cán bộ đoàn Học viện qua các thời kỳ, với sự nỗ lực không ngừng của các Chi đoàn và các thế hệ Đoàn viên, sinh viên từng học tập, công tác tại Học viện. Nhiều cán bộ đoàn viên là những biểu hiện sáng ngời về đạo đức, tinh thần cách mạng và lòng nhiệt tình của tuổi trẻ, nhiều người đã trở thành những cán bộ quản lý có uy tín, những nhà khoa học, những giảng viên mẫu mực, những chuyên viên giỏi…
Phát huy truyền thống xung kích, sáng tạo tuổi trẻ Học viện Hành chính Quốc gia, Đoàn Thanh niên Học viện hiện nay không ngừng lớn mạnh và trưởng thành về mọi mặt, đã có những cống hiến liên tục và cụ thể vào công tác Đoàn và phong trào thanh niên của Học viện, của Đoàn Bộ Nội vụ, của Đoàn Khối các cơ quan Trung ương và cả nước. Đoàn Học viện hiện có 8 Liên chi đoàn, 02 Đoàn phân hiệu với 192 chi đoàn; 01 chi đoàn cán bộ cơ quan trực thuộc, với tổng số 9930 đoàn viên thanh niên, trong đó có 3972 đoàn viên nam, 5958 đoàn viên nữ, 98 đoàn viên là đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam.
Với quá trình phấn đấu không ngừng trong suốt chặng đường 64 năm xây dựng và phát triển, cùng với các hoạt động của Học viện, Đoàn Học viện đã từng bước hun đúc nên những giá trị truyền thống quý báu, nổi bật, đó là: truyền thống yêu nước, trung thành với Đảng, gắn bó mật thiết với sự nghiệp cách mạng, sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước; truyền thống hiếu học, yêu nghề và kính thầy, trọng bạn: truyền thống xung kích, sáng tạo trong thực tiễn công tác Đoàn và phong trào thanh niên trường học với nhiều hoạt động ngày càng phong phú, đa dạng và có chiều sâu. Tiêu biểu như phong trào thi đua dạy tốt học tốt, nâng cao chất lượng sinh hoạt Chi đoàn, đẩy mạnh xây dựng văn hóa học đường, văn minh công sở, công tác phát triển Đảng, vận động sinh viên tham gia nghiên cứu khoa học, phong trào “Sinh viên 5 tốt”; tổ chức các buổi nói chuyện chuyên đề, trang bị một số kỹ năng cho sinh viên, bồi dưỡng và nâng cao nghiệp vụ công tác Đoàn; liên hoan văn nghệ, thể dục thể thao và nhiều hoạt động khác trong Học viện. Với sự quan tâm, chỉ đạo của Đảng ủy, Ban Giám đốc Học viện, trong những năm qua, công tác tuyên truyền, giáo dục của Đoàn Học viện Hành chính Quốc gia đã đạt được nhiều kết quả quan trọng góp phần định hướng nhận thức và hành động của đoàn viên, với các hoạt động cụ thể như: hiến máu nhân đạo, các hoạt động thăm hỏi, tặng quà, các cuộc thi… Bên cạnh đó, Đoàn Học viện cũng đã thường xuyên tổ chức các hoạt động quyên góp, ủng hộ giúp đỡ các đoàn viên, thanh niên khó khăn… qua đó giáo dục, rèn luyện cho đoàn viên, thanh niên ý thức đạo đức, tinh thần tình nguyện vì cuộc sống cộng đồng.